Matías fue pieza para la clasificación para el Mundial de Sudáfrica 2010, siendo inamovible en el esquema de Bielsa, jugó 15 duelos (todos de titular), marcando 4 goles y dando 3 asistencias en los 1.154 minutos que disputó. El 22 de septiembre de 2011, el entrenador Claudio Borghi entregó la nómina de la selección para enfrentar a Argentina y Perú, por las primeras fechas eliminatorias, camiseta españa futbol con Matías Fernández entre los 26 convocados.