Matías fue pieza para la clasificación para el Mundial de Sudáfrica 2010, siendo inamovible en el esquema de Bielsa, jugó 15 duelos (todos de titular), marcando 4 goles y dando 3 asistencias en los 1.154 minutos que disputó. El 22 de septiembre de 2011, el entrenador Claudio Borghi entregó la nómina de la selección para enfrentar a Argentina y Perú, por las primeras fechas eliminatorias, camiseta españa futbol con Matías Fernández entre los 26 convocados.
Establecida como la más importante competición del país, camiseta uruguay mundial en su estreno tomó parte el Real Madrid Foot-Ball Club por ser uno de los vencedores del Campeonato de España de Copa junto a otros nueve equipos. Una derrota frente al Athletic Club en la última jornada del torneo le privó de un título que logró el F. C. Barcelona y dejó constancia de la disputa que ya manifestaban los tres equipos y que acrecentó su rivalidad en años siguientes.
