El 27 de mayo de 2011, Fernández fue convocado por Claudio Borghi para la Copa América 2011 donde Chile fue ubicado en el Grupo C junto a México, Perú y Uruguay. En mayo de 2007, el técnico Nelson Acosta decidió convocarlo para la Copa América 2007 tras su gran año 2006 en Colo-Colo y constante regularidad en el Villarreal, camiseta seleccion japon siendo este su primer torneo defendiendo los colores de la selección.